조국혁신당은 '검찰의 수사권과 기소권을 완전히 분리하는 것'을 검찰개혁의 제1 목표로 삼았다. 구체적으로 △대검찰청의 기소청 전환 △검사의 직접 수사 개시권 완전 폐지 등의 내용이 담겼다. 공약집에는 '경찰의 수사적법성 통제 기관으로 역할을 조정한다'고 돼 있지만, 이미 지난 정부에서 경찰에 대한 수사지휘권이 폐지된 점을 고려할 때 검찰에는 기소만 할 수 있는 '기계적 기능'만 남기겠다는 의도로도 읽힌다.

검찰의 직접 수사 폐지로 생겨난 수사 공백은 '전문수사청'으로 채운다는 게 조국혁신당의 구상이다. 중대범죄수사청, 마약수사청, 금융범죄수사청, 경제범죄수사청 등 기능별 수사기관을 설치해 국가의 수사권을 분산시키겠다는 것이다. 문재인 정부 출범 이후 논의에서 사라졌던 '검사장 직선제'도 다시 등장했다. 조국혁신당은 검사의 기소권에서마저 독점권을 해체한다는 계획인데, 기소 여부를 국민이 판단하도록 하는 기소배심제(대배심)를 내세우고 있다.